Rok 2000. Na Antarktydę spada meteoryt, który staje się przyczyną globalnej katastrofy. Wydarzenie to zostaje nazwane 'Second Impact'. Z biegiem lat powstaje tajna organizacja NERV z Gendo Ikarim na czele. Jednostka ma za zadanie nie dopuścić do kolejnego incydentu, który tym razem sprowadziłby zagładę na całą ziemię. W roku 2015 do futurystycznego miasta Tokio-3, będącego siedzibą NERV-u, przybywa Shinji Ikari - syn dowódcy. Chłopak już od pierwszych godzin w nowym miejscu odkrywa, że jego wizyta to nie przypadek, a tym bardzej nie pretekst do spotkania się z dawno nie widzianym ojcem. Okazuje się, iż został on wybrany na pilota Jednostki 01 - humoidalnego, bio-robota, EVANGELIONA. Maszyny te mają pomóc w zwalczaniu tajemniczych istot zwanych Aniołami, których wizyty bardzo szybko położyłyby kres gatunkowi ludzkiemu. Oprócz Shinji'ego są jeszcze dwie osoby powołane do pilotażu - Rei i Asuka. Odtąd trójka nastolatków będzie zmagała się z przybyszami, problemami wieku dorastania oraz demonami jakie rządzą przeszłością NERV-u.
